Muzeum, které bylo založeno v roce 1933, je od roku 2003 příspěvkovou organizací Zlínského kraje. Odborným zaměřením přesahuje hranice regionu. Základem činnosti Muzea Kroměřížska je péče o sbírky muzejní povahy. Jednotlivá odborná oddělení spravují a prezentují rozsáhlé sbírkové fondy, včetně díla významného českého malíře a grafika, kroměřížského rodáka Maxe Švabinského. Muzeum má také edukační oddělení, které vytváří tematické programy a připravuje pro školy i veřejnost výukové programy k výstavám a expozicím.
Instituce se zaměřuje na výstavní, přednáškovou a publikační činnost, poskytuje odborné konzultace badatelům a studentům především středních a vysokých škol, spolupracuje s dalšími paměťovými institucemi. Veřejnosti je přístupná odborná knihovna se studovnou.
Muzeum Kroměřížska má ve správě také národní kulturní památku větrný mlýn ve Velkých Těšanech a Muzeum v přírodě Rymice.
